一、16个职能处室主要职责:

办公室
负责全局行政事务和宣传工作的组织、综合、协调等工作，协助局长处理日常工作。

人事处
负责全市地方税务系统的机构设置、人员编制、干部管理、教育培训和工资福利工作，负责本系统职工专业培训，岗位培训和职业教育管理等工作。

法制处(国际税务管理处)
负责北京市地方税务系统各项法律事宜和法规工作，负责税收协定执行、国际税务管理合作及其它涉外税务协调相关工作。

征收管理处
负责贯彻落实《征管法》及《实施细则》，负责税务登记、帐薄凭证管理、纳税申报、税款征收管理工作，负责与政府相关部门的协调、配合工作。

计划会计处
负责税收计划、会计、统计和票证的管理工作。

税务检查处(税务违法案件举报中心)
负责税务检查及相关工作。

营业税管理处
负责营业税、资源税、城市维护建设税、教育费附加和文化事业建设费的征收管理工作。

企业所得税管理处
负责企业所得税的征收管理工作；负责综合税政协调工作；负责协调税政综合工作。

个人所得税管理处
负责个人所得税的税政和征收管理工作。

地方税管理处
负责车船使用税、印花税、车船使用牌照税、契税、城镇土地使用税、房产税、城市房地产税、土地增值税、耕地占用税、外商投资企业土地使用费的征收管理工作。

纳税评估处
负责研究拟订纳税评估管理办法和技术规范，负责税收征收情况的评估，组织重点税种、重点行业、重大涉税事项的评估，组织协调税务函告、约谈工作，组织开展纳税人纳税信誉等级评定工作。

档案处
负责本系统三年以上业务档案的接收、整理、保管及查阅下作；负责本系统业务档案工作的指导和档案人员的培训工作。

计划财务处
分管系统预算资金、财务、装备、基建、固定资产和政府采购管理工作及市局机关日常财务核算。

研究室
负责起草向市委、市政府和国家税务总局报送的综合业务报告、综合调研报告，起草年度市地税系统工作报告，起草市局主要领导部分重要讲话及文稿，组织、协调、管理市地税系统调研工作，负责组织研究市地税系统中长期税收工作计划，参与市局领导的重要调研活动，搜集国内、外先进的税收管理经验、资料，为领导决策服务。

基层工作处（机关党委办公室）
负责本系统的思想政治工作；负责本系统目标责任制的制定、实施和考评工作；负责本机关及直属单位的党群工作。

残保金管理处
负责制定残疾人就业保障金代征工作的有关制度、管理办法和措施；负责组织和协调残疾人就业保障金代征的相关工作。

二、其它行政机构：

老干部处
分管市局机关离退休人员的管理服务工作。

三、派驻机构：

监察处
负责全市地方税务系统党风廉正建设，负责对内部审计及对工作人员违法、违纪行为的检查、处理工作。2007年为市纪委、市监察局派驻机构。